Файл проекта .sublime-project уже удален. Но в списке быстрого выбора проектов он еще есть. Как удалить его оттуда?

В свежих версиях Sublime Text 3 есть пункт Project — Open Recent — Clear Items . Он удаляет из списка все проекты разом.

Удалить один конкретный проект — сложнее. Нужно лезть в код конфигов саблайма.

Список проектов хранится в файле сессии саблайма. Например, в линуксе этот файл располагается здесь: ~/.config/sublime-text-3/Local/Session.sublime_session

Достаточно:

1. Открыть его в текстовом редакторе (но не в саблайме, саблайм должен быть закрыт);
2. Найти секцию recent_workspaces;
3. Найти в ней путь до уже несуществующего .sublime-project файла и удалить его.

Смотреть этот вопрос с ответом на Stack Overflow.