Ошибка значит, что сервер, хоть и был закрыт в консоли, все равно остался висеть в памяти.

Решается просто:

lsof -i :3000

Выводит все процессы с открытым портом 3000. Среди них должен быть процесс ruby с определенным PID, например, с 1234.

kill -9 1234

Убивает процесс.

Другой вариант — запросить PID сразу в строке убийства процесса:

kill -9 `pidof ruby`